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Linux
Shell中表示数字跨度的几种方式
在Shell脚本中 如果要输出数字为0 20中3的倍数 可以使用下面三种方式来完成 方式一 i 0 i lt 20 i 3 for i 0 i lt 20 i 3 do echo i done 方式二 0 20 3 for i in 0 2
编程语言
系统运维
系统测试
shell
seq
shell等差、等比数列和数组拼接
arithmetic progression 搜参数时 参数空间可能由一些散装的值和一个等差 比数列组成 如 tune alpha from 0 01 0 99 and 0 1 to 0 9 at an increment of 0 1 p
乱搞
环境
bash
Linux
seq
【1】RNA-seq 测序数据之Hisat2比对-featurecount计算-EdgeR分析
一 拿到 测序数据之后 xff0c 首先选择参考基因组及比对工具进行比对 1 Hisat比对 xff1a xff08 6个G的测序数据耗时20分钟 xff0c 比对率78 4 xff09 物种差异度大导致比对率低 build index h
RNA
seq
HISAT2
featurecount
edger
RNA-seq流程学习笔记(18)- Heatmap图
1 准备感兴趣基因集 xff08 genelist xff09 并进行适当格式转换 span class token comment 对基因list进行整理 span span class token comment 设置工作目录 span
RNA
seq
Heatmap
流程学习笔记
CHIP-seq流程学习笔记(8)-使用MACS2 bdgdiff提取非生物学重复样本间差异peak进行注释
参考文章 xff1a 使用MACS2进行差异peak分析 重点推荐 xff1a Call differential binding events MACS2作为使用最广泛的peak calling软件 xff0c 在v2版本中添加了差异pe
chip
seq
MACS2
bdgdiff
peak
RNA-seq流程学习笔记(15)-使用DESeq2进行差异基因分析
参考文章 xff1a RNA seq 7 DEseq2筛选差异表达基因并注释 转录组入门7 用DESeq2进行差异表达分析 Analyzing RNA seq data with DESeq2 RNA seq练习 第三部分 xff08 DE
RNA
seq
deseq2
流程学习笔记
进行差异基因分析
RNA-seq流程学习笔记(4)-使用FastQC软件对fastq格式的数据进行质量控制
今天开始学习使用FastQC软件对范例SRA测序文件的质量进行分析 主要参考文章 xff1a RNA seq 3 sra到fastq格式转换并进行质量控制 转录组入门 xff08 3 xff09 xff1a 了解fastq测序数据 用Fas
RNA
seq
FastQC
fastq
流程学习笔记
RNA-seq:转录组数据分析处理(上)
RNA seq xff1a 转录组数据分析处理 xff08 上 xff09 目录 RNA seq xff1a 转录组数据分析处理 xff08 上 xff09 一 流程概括二 准备工作1 fastq测序文件2 注释文件和基因组文件的获取 三
RNA
seq
转录组数据分析处理
RNA-seq数据上游分析流程(从原始数据开始)
数据分析的基本思路 xff08 1 xff09 从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据 xff0c 至少要求给出如下信息 xff1a xff08 2 xff09 对芯片数据进行质量控制评价及处理 xff08 如果
RNA
seq
数据上游分析流程
从原始数据开始
Ribo-seq的上游分析以及数据准备
找到一个文献 xff1a Detecting actively translated open reading frames in ribosome profiling data 跟着他的步骤开始运行 1 下载数据及软件 找到文章中的数据下
ribo
seq
上游分析以及数据准备
Ribo-seq的下游分析方法2---RibORF
文献 xff1a RibORF Identifying genome wide translated open reading frames using ribosome profiling 是按照这个文献 的方法进行分析的过程 xff0c
ribo
seq
RibORF
下游分析方法
RNA-Seq比对软件HISAT2的用法
参考网址 xff1a http blog sciencenet cn blog 759995 990471 html 感谢原作者 转载于 https www cnblogs com lmt921108 p 7442839 html
RNA
seq
HISAT2
比对软件
各种seq ribo-seq rna-seq pipelines
SPR WorkFlow Collection sysPipe
seq
ribo
RNA
pipelines
RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)
RNA seq数据分析 简介1 生物基础1 1 中心法则1 2 RNA seq Protocol1 3 RNA seq总的路线图 2 数据分析2 1 前期准备2 1 1 创建目录 amp 安装conda2 1 2 常用文件格式简介 2 2
RNA
seq
HISAT2
featureCounts
StringTie
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