LAMMPS-使用MATLAB计算径向分布函数

2023-10-26

LAMMPS-使用MATLAB计算径向分布函数

在分子动力学模拟中,径向分布函数(Radial Distribution Function,简称RDF)是一种重要的统计工具,用于描述原子或分子之间的空间分布情况。通过计算RDF,我们可以获得物质的结构信息、相互作用距离以及相位转变等重要参数。本文将介绍如何使用MATLAB计算LAMMPS生成的数据文件的径向分布函数。

首先,我们需要使用LAMMPS进行分子动力学模拟,并获取到所需的数据文件。LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件,可以模拟原子、分子和离子的运动行为。对于本文的目标,我们假设你已经完成了LAMMPS的安装和模拟过程,获得了数据文件。

接下来,我们进入MATLAB环境,通过以下步骤计算径向分布函数:

步骤1: 读取数据文件

filename = 'data.file'; % 替换为你的数据文件名
data = importdata(filename);
atoms = data
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

LAMMPS-使用MATLAB计算径向分布函数 的相关文章

  • getappdata 在 MATLAB 中返回空矩阵

    我有一段代码 我在其中使用setappdata然后我使用以下方式调用数据getappdata即使它不为空 它也会返回一个空矩阵 我的一段简化代码如下 function edit1 Callback hObject eventdata han
  • 如何使用Matlab将数据保存到Excel表格中?

    我想将数据以表格形式保存在 Excel 工作表中 它应该看起来像 Name Age R no Gpa Adnan 24 18 3 55 Ahmad 22 12 3 44 Usman 23 22 3 00 每次当我执行我的文件时类数据 m 下
  • 命令 A(~A) 在 matlab 中的真正作用是什么

    我一直在寻找找到矩阵非零最小值的最有效方法 并在论坛上找到了这个 设数据为矩阵A A A nan minNonZero min A 这是非常短且高效的 至少在代码行数方面 但我不明白当我们这样做时会发生什么 我找不到任何关于此的文档 因为它
  • MATLAB 编译器与 MATLAB 编码器

    两者有什么区别 据我了解 MATLAB Compiler将MATLAB代码包装成 exe文件 这样就可以在不安装MATLAB的情况下使用它 并且只需要MCR 除此之外 MATLAB Builder NE 还可以用于生成与 Net 框架一起使
  • Matlab:条形图中缺少标签

    使用 Matlab 2012 和 2013 我发现设置XTickLabel on a bar图表最多只能使用 15 个柱 如果条形较多 则标签会丢失 如下所示 绘制 15 个条形图 N 15 x 1 N labels num2str x d
  • 在matlab中不使用for循环检查数组中的成员资格

    我想简化这段代码 使其无需 for 循环即可工作 for i 1 N for j 1 N if ismember j A PID i i TFP i j PID i i end end end 其中A是一个包含一些标签的矩阵 我之前存储的T
  • Matlab:3D 堆积条形图

    我正在尝试创建一个 3D 堆积条形图 如这个问题所示 Matlab 中的 3D 堆叠条形图 https stackoverflow com questions 13156133 3d stacked bars in matlab 5D 然而
  • 通过 cuFFT 进行逆 FFT 缩放

    每当我使用 cuFFT 绘制程序获得的值并将结果与 Matlab 的结果进行比较时 我都会得到相同形状的图形 并且最大值和最小值位于相同的点 然而 cuFFT 得到的值比 Matlab 得到的值大得多 Matlab代码是 fs 1000 s
  • 如何选择面积最大的对象?

    我用过bwconvhull检测图像的某个部分 正如您在图像中看到的那样 有许多具有特定质心的对象 我想做的是检测面积最大的物体 左起第一个大物体 并忽略其他物体 我应该遵循哪种方法 我将非常感谢您的帮助 以下是代码 由于我仍在努力 所以写得
  • 如何在 MATLAB 中将矩阵元素除以列总和?

    有没有一种简单的方法可以将每个矩阵元素除以列和 例如 input 1 4 4 10 output 1 5 4 14 4 5 10 14 以下是执行此操作的不同方法的列表 使用bsxfun https www mathworks com he
  • 更新:随机将行添加到矩阵中,但遵循严格的规则

    以下是一个更大的矩阵的一部分 0 1 0000 1 0000 77 0000 100 0000 0 0 2500 0 1 0000 1 0000 72 0000 100 0000 0 2500 0 2500 0 1 0000 1 0000
  • MATLAB 变量传递和惰性赋值

    我知道在 Matlab 中 当将新变量分配给现有变量时 会进行 惰性 评估 例如 array1 ones 1 1e8 array2 array1 的价值array1不会被复制到array2除非元素array2被修改 由此我推测Matlab中
  • 在矩阵中找到叉的最快方法

    定义 A i j 1 是十字的中点 如果元素A i 1 j 1A i 1 j 1A i j 1 1A i j 1 1 这些元素和中点一起形成矩阵 A 中的十字 其中 A 至少是一个 3 3 矩阵 并且i j 0 假设上图是 8 8 矩阵 A
  • 使用不同的背景颜色保存 MATLAB 图窗

    我想打印一个带有深色背景和白色标签的 MATLAB 图 如果我使用print or saveas命令我不知何故失去了颜色 绘图符号再次变暗 背景变为白色 points rand 100 3 plot3 points 1 points 2 p
  • 霍夫变换检测和删除线

    我想使用霍夫变换检测图像中的线条 但是我不想绘制线条 而是想删除原始图像中检测到的每条线条 image imread image jpg image im2bw image BW edge image canny imshow BW fig
  • 在 Python 上显示 Matlab mat 文件中的图像

    我目前正在尝试显示从此下载的 Mat 文件中的图像site http www rctn org bruno sparsenet 这是一个 mat 文件 所以我尝试使用 scipy io loadmat 函数加载它 但我似乎无法绘制图像 我究
  • matlab中优先级队列的实现方法

    matlab中有没有提供minpriorityqueue功能的库 import java util PriorityQueue import java util public class MyQueue Comparator
  • 二维随机微分方程 (SDE)

    我第一次研究随机微分方程 我正在寻求模拟和求解二维随机微分方程 模型如下 dp F t p dt G t p dW t where p 是一个 2 1 向量 p theta t phi t F是列向量 F sin theta Psi cos
  • MATLAB 子图标题和轴标签

    我有以下脚本来最终绘制 4 x 2 子图 files getAllFiles preliminaries n size files cases cell 1 n m cell 1 n for i 1 1 n S load files i c
  • 使用 scipy.io 将 python pandas dataframe 转换为 matlab 结构

    我正在尝试使用 scipy io 将 pandas 数据帧保存到 matlab mat 文件 我有以下内容 array1 np array 1 2 3 array2 np array a b c array3 np array 1 01 2

随机推荐

  • VUE 巧用$attrs和inheritAttrs提高组件的可扩展性

    VUE 巧用 attrs和inheritAttrs提高组件的可扩展性 前言 在平时创建组件时 一般使用的是利用props传值 然后通过传入的值再赋给标签的方式 来控制组件里的 这种方法在使用时的可扩展性不大 很难通过外部来动态的往组件内部添
  • java学习笔记(第7天:形参和返回值)

    目录 一 形参和返回值都是基本类型 二 类名作为形参和返回值 三 抽象类作为形参和返回值 四 接口作为形参和返回值 一 形参和返回值都是基本类型 这里比较简单 放一个不确定参数数量的例子玩玩 package Demo public clas
  • 关于Unity游戏开发场景切换:Time.timeScale的捣乱

    在制作场景切换功能的时候 我用的是SceneManager LoadScene函数 从主界面场景切换到关卡1场景 从关卡1场景切换到关卡2场景都是没有问题的 但是 当我在点击Pause按钮来到暂停界面 点击Back Menu按钮准备回到主界
  • LR和线性回归的区别与联系

    区别 区别 线性回归 liner regression LR logistics regression 构建方法 最小二乘法 似然函数 解决问题 主要解决回归问题 也可以用来分类 但是鲁棒性差 解决分类问题 输出 输出实数域上连续值 输出值
  • 在#define中使用参数

    在 define中使用参数 在 define中使用参数可以创建外形和作用与函数类似的类函数宏 例如 define SQUARE X X X 在程序中可以这样用 z SQUARE 2 这看上去像函数调用 但它的行为与函数调用完全不同 预处理器
  • 网关Gateway-快速上手

    gateway网关官方文档 https docs spring io spring cloud gateway docs current reference html 网关的概念 网关作为流量的入口 常用的功能包括路由转发 权限校验 限流等
  • 单片机:按键(使用中断)控制数码管的数字加减(c语言实现)

    本实验的目的 使用中断实现通过编号为8和C的按键控制数码管数字的加减 加至15之后再循环到0 减到0之后保持0不变 include
  • Python Django项目URL中包含另外一个urls模块

    在我们的项目中 不可能只有一个app 如果把所有的app的views中的视图都放在urls py中进行映射 肯定会让代码显得非常乱 因此django给我们提供了一个方法 可以在app内部包含自己的url匹配规则 而在项目的urls py中再
  • win11 设置系统环境变量

    由于win11的设置面板大变样 一时之间找不到高级设置进入系统环境变量的设置 面对这个问题可以这样 1 按win键 在搜索中输入 编辑系统环境变量 如图
  • 线程同步与线程安全

    1线程同步 同步 多线程访问临界资源时 必须进行同步控制 多进程或者多线程的执行并不完全是绝对的并行运行 又可能主线程需要等待函数线程的某些条件的发生 多线程的临界资源有全局数据 堆区数据 文件描述符 同步控制方式 1 1信号量 需要用到头
  • git repo工具介绍引入

    一 repo是什么 是什么 Repo是基于git的仓库管理工具 是一个python脚本 干什么 Repo用于同时管理多个git仓库 可以做统一的上传下载等操作 二 repo使用相关语法介绍 2 1 要使用repo首先需要有 manifest
  • iOS 捷径大全

    iOS 捷径大全 一 实用工具 支付助手3 0 新 微博热搜榜 新浪微博 网购历史价格查询3 0 小火箭 新 支付宝红包 新 任天堂红白机小游戏 你不会自己百度么 上朝网易云 早上好 晚安 天气预报 系统自带 捷径2 1 0 报时语音天气
  • JS数组去重之利用set数据结构去重

    在常用的JS去重方法中 都是通过循环遍历来去重 难免麻烦了不少 这边发现ES6中有更加方便的去重方式 记录一下 1 set数据结构 ES6提供了新的数据结构Set 类似于数组 只不过其成员值都是唯一的 没有重复的值 这边就是利用set没有重
  • RF4463F30半双工模组,伪全双工透传方案(STM32平台)(第二章,业务逻辑)

    RF4463F30半双工模组 伪全双工透传方案 STM32平台 第二章 业务逻辑 前言 核心代码编写 宏定义和变量声明 工具函数 功能函数 发送数据函数 时间管理函数 模块工作状态函数 将数据帧提取放入发送区的函数 接收数据函数 解包函数
  • 售前工程师工作内幕揭秘:面试实战技巧

    售前工程师工作内幕揭秘 面试实战技巧 前言 一 售前面试问题 基本就下面这些 二 售前工程师岗位普遍误区 三 售前工程师核心技能 四 面试中 主动出击 才是王道 五 对行业的了解是做好售前的基础 前言 看到网上很多关于售前工程师面试技巧的内
  • react项目搭建--相对较全面

    前言 简单记录一下第一次搭建react项目框架 之前只是在已搭建好的框架内去开发实现项目 没有自己动手搭建过 亲自动手实际操作 还遇到挺多问题的 参考了不少文献 帮助我解决并完成整个项目搭建的文献 都会在文章最后附上链接 感兴趣的可以都看一
  • 网络安全之数据链路层安全协议

    前言 本章将会讲解数据链路层上的安全协议 目录 前言 一 数据链路层安全协议简介 1 数据链路安全性 二 局域网数据链路层协议 1 本地链路局域网 LAN 2 广域网 WAN 3 IEEE802局域网数据链路层协议 1 数据链路层包括逻辑链
  • Python爬虫-17-案例:利用爬虫框架scrapy ,爬取JavaScript动态加载网页,将图片下载至本地

    新建项目 1 在cmd中创建爬虫项目 2 项目结构 由于基础模板设置这里会默认新建一个images py文件 不设置的话这边可以直接写也是可以的 3 设置settings 图片下载地址分析 1 查看萌女最新选项的图片 2 查看请求信息 发现
  • 新建android studio项目错误,提示AppcompatActivity有问题

    直接上图解决办法 希望后来者少走弯路
  • LAMMPS-使用MATLAB计算径向分布函数

    LAMMPS 使用MATLAB计算径向分布函数 在分子动力学模拟中 径向分布函数 Radial Distribution Function 简称RDF 是一种重要的统计工具 用于描述原子或分子之间的空间分布情况 通过计算RDF 我们可以获得