安装sva遇到的问题

library(sva)
载入需要的程辑包：genefilter
Error: package or namespace load failed for ‘genefilter’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 不存在叫‘GenomeInfoDbData’这个名字的程辑包
Error: 无法载入程辑包‘genefilter’

conda info --envs  # 查看目前的conda环境
conda create -n R4.2  # 创建名为R4.2的环境
source activate R4.2   #激活R4.2环境
conda install r-base=4.2.2  #安装R 指定为R版本为4.2.2
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name R4.2--all #移除R4.2环境

source activate R4.2 
conda install r-sva#R包通常需要以r-开头
anaconda search -t conda r-sva#若无法找到可以使用该命令搜索对应R包,此处的anaconda是原始conda的路径，而非R4.2环境下的
anaconda show BioBuilds/r-sva #显示该包的chanel
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-sva  #根据anaconda show进行安装

#install.packages(sva)
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("sva")

经过安装最新rtools，最终设置rtools环境，在下载r包之后可以再识别出一个程辑包，但是还是

trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/xfun_0.37.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 130063 bytes (127 KB)
downloaded 127 KB

Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted
Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted
Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted
Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted
Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted

下载的程序包在
	‘C:\Users\cos90\Documents\Rtmp8SZLrf\downloaded_packages’里
Warning: 正在使用‘nlme’这个程序包，因此不会被安装

  有二进制版本的，但源代码版本是后来的:
          binary source needs_compilation
codetools 0.2-18 0.2-19             FALSE

安装源码包‘codetools’

trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/codetools_0.2-19.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 38235 bytes (37 KB)
downloaded 37 KB

Error: 10:30: unexpected input
10: options(download.file.method=“
                                  ^
Execution halted

下载的程序包在
	‘C:\Users\cos90\Documents\Rtmp8SZLrf\downloaded_packages’里
Warning messages:
1: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘ggrepel’时退出狀態的值不是0
2: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘sourcetools’时退出狀態的值不是0
3: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘tidygraph’时退出狀態的值不是0
4: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘utf8’时退出狀態的值不是0
5: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘xfun’时退出狀態的值不是0
6: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  安装程序包‘codetools’时退出狀態的值不是0

最后的最后，求助了大神，把大神给的sva包和genefilter包
GenomeInfoDbData包直接放在library（r包路径）中，替换掉原来的下载的，再次运行：

> library(GenomeInfoDbData)
> library(genefilter)
> library(sva)
载入需要的程辑包：BiocParallel
> 

成功了！