我注意到我的备份 rsync 脚本花费了相当多的时间从以下位置复制具有随机名称的内容.snakemake/metadata
文件夹。
这些文件有什么用?
在 Snakemake 运行完成后我可以安全地删除它们吗?或者它们对于 Snakemake 正确执行下一次运行是必要的吗?
更一般地说,是否有一些关于 Snakemake 在中创建的文件的文档.snakemake
folder?
From 约翰内斯·科斯特的评论 https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/42/unneeded-snakemake-directory,Snakemake 的创建者:
[.snakemake/ 目录] 用于跟踪 (a) 的值
每个文件的 version 关键字,(b) 每个文件的规则实现
文件,以便在某些内容发生更改时通知用户
Snakemake 是用 --summary 调用的。
来自相关comment https://groups.google.com/d/msg/snakemake/vGOWnLQqTj8/X8OU95jYBwAJ在 Google 网上论坛上:
一般来说,在以下情况下删除整个 .snakemake 目录是安全的:
没有正在运行的 Snakemake 实例,并且您确定所有
现有的输出文件是完整的。它仅包含数据来源
信息(例如,跟踪代码输入文件或参数更改[确定是否应重新运行工作流程])。你
可能想要保留 .snakemake/conda,因为它包含 conda
您的工作流程中使用的环境。
编辑:自动删除.snakemake/
成功执行管道后的目录onssuccess
可以使用钩子:
import shutil
onsuccess:
shutil.rmtree(".snakemake")
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