调试 R 中的通用函数

如何调试通用函数（使用 debug 或调试包中的 mtrace）？

举个例子，我想调试 NADA 包中的 cenreg，特别是采用公式输入的方法。

您可以像这样检索方法详细信息：

library(NADA)
getMethod("cenreg", c("formula", "missing", "missing"))

function (obs, censored, groups, ...) 
{
    .local <- function (obs, censored, groups, dist, conf.int = 0.95, 
        ...) 
    {
        dist = ifelse(missing(dist), "lognormal", dist)

...
}

问题是 cenreg 本身看起来像这样：

body(cenreg)
# standardGeneric("cenreg")

我不知道如何逐步执行底层方法，而不是通用包装器。

我的前两个建议非常基本：（1）将函数调用包装在try()（经常提供有关 S4 类的更多信息）和 (2) 调用traceback()抛出错误后（有时可以提示问题真正发生的位置）。

Calling debug()在这种情况下没有帮助，所以你需要使用trace or browser。从调试帮助页面：

"In order to debug S4 methods (see Methods), you need to use trace, typically 
calling browser, e.g., as "
  trace("plot", browser, exit=browser, signature = c("track", "missing")) 

S4 类可能很难使用；其中的一个例子是评论the debug package http://cran.r-project.org/web/packages/debug/index.html文档（关于使用mtrace()与 S4 课程）：

"I have no plans to write S4 methods, and hope not to have to
debug other people’s!"

A 最近在 R-Help 上提出了类似的问题 http://old.nabble.com/debugging-S4-methods-td25697205.html。邓肯·默多克的建议：

"You can insert a call to browser() if you want to modify the source.  If
you'd rather not do that, you can use trace() to set a breakpoint in it.
The new setBreakpoint() function in R 2.10.0 will also work, if you
install the package from source with the R_KEEP_PKG_SOURCE=yes
environment variable set.  It allows you to set a breakpoint at a
particular line number in the source code."

我以前从未这样做过（并且它需要 R 2.10.0），但您可以尝试从源代码安装R_KEEP_PKG_SOURCE=yes.

顺便说一下，您可以使用NADA 的 CRAN 镜像 https://github.com/cran/NADA在github上浏览源码。