我有一个包含多个规则的 Snakefile,只有少数规则需要超过 1 GB/核心才能在集群上运行。这resources
指令对此非常有用,但我找不到设置默认值的方法。我宁愿不用写resources: mem_per_cpu = 1024
对于每条不需要默认值的规则。
我意识到我可以使用得到我想要的东西__default__
in a 集群配置文件 http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#cluster-configuration并覆盖mem_per_cpu
特定规则的值。我犹豫是否要这样做,因为内存要求与平台无关,所以我更愿意将它们包含在 Snakefile 本身中。它还会阻止我使用指定本地资源限制--resources
命令行选项。
Snakemake 是否有一个简单的解决方案可以帮助我?谢谢!
我正在读变更日志 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/history.html#id1Snakemake 和我遇到了这个:
添加 –default-resources 标志,允许定义默认资源
对于作业(例如 mem_mb、disk_mb),请参阅文档。
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)