默认内存请求是否可以在 Snakefile 中覆盖?

2024-03-17

我有一个包含多个规则的 Snakefile,只有少数规则需要超过 1 GB/核心才能在集群上运行。这resources指令对此非常有用,但我找不到设置默认值的方法。我宁愿不用写resources: mem_per_cpu = 1024对于每条不需要默认值的规则。

我意识到我可以使用得到我想要的东西__default__ in a 集群配置文件 http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#cluster-configuration并覆盖mem_per_cpu特定规则的值。我犹豫是否要这样做,因为内存要求与平台无关,所以我更愿意将它们包含在 Snakefile 本身中。它还会阻止我使用指定本地资源限制--resources命令行选项。

Snakemake 是否有一个简单的解决方案可以帮助我?谢谢!


我正在读变更日志 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/history.html#id1Snakemake 和我遇到了这个:

添加 –default-resources 标志,允许定义默认资源 对于作业(例如 mem_mb、disk_mb),请参阅文档。

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