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通配符 Snakemake 规则的预处理
我有一个 Snakemake 配方 其中包含一个非常昂贵的准备步骤 对于所有调用来说都很常见 这是用于演示的伪规则 rule sample input name config output name npz run import somem
python
snakemake
如何收集与输入函数匹配通配符的Snakemake输入文件?
我有一组使用 BWA MEM 生成并使用 GATK IndelRealigner 等进一步处理的 BAM 文件 我正在以较小的块对 BAM 文件进行预处理 以加快处理速度 然而 我必须在变体调用之前将这些单独的文件合并到一个 BAM 文件中
python
snakemake
Snakemake:如何有效地使用配置文件
我正在使用以下配置文件格式蛇形对于一些测序分析实践 我有大量样本 每个样本包含 2 个 fastq 文件 samples Sample1 XY fastq files SRR4356728 1 fastq gz fastq files SR
Indexing
config
wildcard
expand
snakemake
Snakemake:如何记录由 script 指令执行的 python 脚本?
有没有什么方法可以轻松保存来自snakemake规则执行python脚本的日志script指示 该脚本使用的库已经有一些集成的日志记录 我想存储它们的日志 我不想使用shell or run指令 因为在使用 python 脚本时它们都不太舒
snakemake
在参数中使用通配符
在snakemake中使用config yaml文件定义参数时是否可以使用通配符 我使用通用 R 脚本来制作相同的基本热图 但使用不同的输入矩阵 我想使用通配符为 config yaml 文件中的每个热图指定热图的配置 例如 K 均值聚类的
snakemake
Snakemake 通配符:使用目录输出中的通配符文件
我是 Snakemake 的新手 并尝试在规则中使用特定文件 来自directory 克隆 git 存储库的另一个规则的输出 目前 这给了我一个错误Wildcards in input files cannot be determined
wildcard
snakemake
SnakeMake中使用Conda环境上SGE集群问题
有关的 使用 Python 脚本 conda 和 cluster 的 SnakeMake 规则 https stackoverflow com questions 45801643 snakemake rule with python sc
python
conda
qsub
sungridengine
snakemake
awk 命令在 Snakemake --use-singularity 中失败
我正在尝试将 Snakemake 与 Singularity 结合起来 我注意到一个简单的awk使用奇点时命令不再起作用 这 1最后一行被 bash 替换 而不是被用作第一个字段awk 这是一个最小的工作示例 蛇形锉刀 singularit
bash
snakemake
singularitycontainer
可以使用不同的路径/通配符定义snakemake输入规则吗
我想知道是否可以定义一个依赖于不同通配符的输入规则 详细地说 我使用 qsub 在不同的 fastq 文件上运行这个 Snakemake 管道 它将每个作业提交到不同的节点 原始 fastq 上的 fastqc 不依赖其他作业的下游 适配器
shell
Bioinformatics
snakemake
qsub
Snakemake - 尝试使用 global_wildcards 时出现问题(类型错误:预期的 str,得到列表)
我是 Snakemake 的新手 也不是 Python 专家 所以答案可能非常明显 我的工作流程中的所有内容在我的测试中都运行良好 直到我尝试使用glob 通配符为了将我的所有 fastq gz 文件从一个目录 FASTQDIR 转换为 f
python
snakemake
在 Snakemake 脚本中使用 argparse
是否可以将自定义命令行参数传递给snakemake脚本 我已经尝试过了 但是用以下命令执行 Snakefileargparse结果出错snakemake error unrecognized arguments zz 下面是一个示例脚本 i
python
python3x
commandlinearguments
argparse
snakemake
作为 Snakemake 工作流程输入的值数组
我开始将我的工作流程从Nextflow to Snakemake并且已经在我的管道开始处碰壁了 管道通常以数字列表开头 代表我们检测器的 运行编号 我所拥有的例如是run list txt like detector id run numb
python
pandas
snakemake
directedacyclicgraphs
nextflow
无法让此正则表达式适用于 Snakemake 中的 wildcard_constraints
我有一个用 Snakemake 编写的工作流程 用于分析生物测序数据 工作流程期望对所有数据文件进行组织 以便每个原始读取文件都以检测类型 RNASeq DNaseSeq 等 开头 并且在工作流程生成的所有文件中都保持此文件名约定 我有一个
python
regex
snakemake
“通配符”对象没有属性“输出”
我收到一条相当简单的规则的错误 我必须为另一个程序编写一个任务文件 需要一个 tsv 文件 我从配置文件中读取一定数量的参数 并使用 shell 命令将它们写入文件中 Code rule create tasks output temp t
shell
output
wildcard
rules
snakemake
Snakemake 和 pandas 语法
我有一个输入文件如下 SampleName Run Read1 Read2 A run1 test true data 4k R1 fq test true data 4k R2 fq A run2 test samples A fastq
pandas
snakemake
Snakemake - 下载数据的规则
我在实现管道时遇到一些麻烦 其中第一步是从某个服务器下载数据 据我了解 所有规则都必须有文件输入 然而 在我的例子中 输入 是提供给访问服务器并下载数据的脚本的 ID 字符串 我知道远程文件Snakemake 中的选项 但我正在下载的服务器
Download
snakemake
在 Snakemake HTML 报告中包含参数和源代码
我想在我的html报告中包含shell命令以及snakemake规则的外部脚本的源代码 我看到人们在RULE序列的表中包含这些 下面的示例是文档中基本示例的一部分 https snakemake readthedocs io en stab
snakemake
Snakemake 无法处理很长的命令行?
这是一个很奇怪的问题 当我的 input 中指定的rule部分是 input 有超过 500 个文件 snakemake 刚刚退出并显示消息 one of the commands exited with non zero exit cod
snakemake
在snakemake规则的日志部分中定义的文件与在输出部分中定义的文件有很大不同吗?
我认为的文档log蛇形规则的一部分 必须 手动 将内容发送到日志文件 在我看来 使用中定义的文件可以获得相同的结果output部分 这两种可能的方法之间的重要区别是什么 其真正的用处是什么log部分 对我来说 日志的最佳实践是 Snakem
logging
snakemake
单个规则 Snakemake 文件中的多个输入和输出
我正在开始使用 Snakemake 我有一个非常基本的问题 我在 Snakemake 教程中找不到答案 我想创建一个单一规则的snakefile来在linux中一一下载多个文件 输出中不能使用 expand 因为文件需要一一下载 并且不能使
python3x
snakemake
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